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生命科学の研究者のブログ

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今やりたいこと

GWに入って、すっかり陽気も暖かくなって、通学中に寒さに震えることもなくって、何となく気持ちも明るくなる。その上天気が良かったりすると、研究を放り出してどっかに遊びに行きたくなる。研究室と自宅を行き来する毎日だが、研究以外にもやりたいことはある。特に意味はないが、今やりたいことを列挙してみようと思う。

1.水族館に行きたい
僕は生命科学の研究をしているだけあって、生物が好きだ。研究内容は基礎医学で扱っているのは哺乳類だが、それ以外の生物も好きだ。

海はすごい。地球の表面積の3分の2を占めるその広く深い世界は我々陸上生物には想像を絶する。そんな広大な世界を自由に回遊する鯨になれたらいいなと割と本気で思っていた。

鯨になることはできないが、水族館に行くことはできる。しばらく水族館に行っていないので、水族館に行きたい。

狙っている水族館はいくつかある。

アクアマリンふくしまは近いうちに必ず行きたい。なぜなら、シーラカンスの標本があるから!昔とある展示でシーラカンスの標本を見て以来、僕はシーラカンスに魅了されている。何千万年も前、まだ恐竜が存在していた時代からほぼその姿を変えずに、深い海の底で種をつないできた。そういうフィルターを通して見ているからかもしれないが、その姿は幻想的でもあり、生命の神秘を感じさせる。そんなシーラカンスをもう一度見たい。だからアクアマリンふくしまには、必ず行きたい。沼津深海水族館にも標本があるらしいので、そちらも必ず行きたい。

あとはダイオウグソクムシで話題になっている鳥羽水族館にも行きたい。行きたいけど三重はさすがに遠いので日帰りでは行けない。ただし三重は水族館以外にも行ってみたい観光スポットがいくつかあるので、いつか旅行したい。いつになるかは分からないが。


2.美術館に行きたい
これは特に言及しなくても、空いてる休日にしょっちゅう行っているのだが、それでも行き足りない。今やっている展示だと、損保ジャパン美術館のオランダ・ハーグ派展に行きたい。それから開催は2か月後だが、ボストン美術館 華麗なるジャポニズム展も楽しみだ。巡回展示だけじゃなくて、各地の美術館の所蔵作品も見たい。京都とか広島とかの美術館に行ってみたい。ニューヨークとかパリとかオランダとかオーストリアの美術館にも行きたい。要するに美術館に行きたい。行きたいんです!


3. 散歩したい
春だ。寒くもなく暑くもない。研究は仕事だし、それはそれで楽しいのだが、こんな麗らかないい天気の春の日に研究室にこもって実験をしていると、なんとなく拷問を受けているような気分にならなくもない。どこか静かな所に行ってのんびり散歩でもしたくなる。


4. 本を読みたい
実は正月に読めたらいいなと思って買った小説をまだ消化していない。あれも読みたいこれも読みたいという希望と読書に充てられる時間の勘定にいつも失敗する。1日が26時間あって毎日2時間僕の読書行為が法的に保障されたらいいのになって思う。何を言ってんだよという感じだが。




とりあえず4つ挙げたが、これらのことをやりたいと同時に、研究も進めたいというのも同様に感じている。研究をすっぽかすことはできない。だからたぶんここに挙げたやりたいと思っていることの半分も実行できないだろう。悲しいことだ。

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STAP細胞を信じない5つの理由

今日4月14日、理研ユニットリーダーの小保方晴子氏が弁護士を通じて「4月9日の記者会見に関する補充説明」と題する文書を発表した。

4月9日の記者会見に関する補充説明・全文

僕はこの文書を読んで、少なからず違和感を覚えた。小保方氏はどうやら降りかかる疑惑に対して徹底抗戦するようだ。彼女にはそうする権利があるので、それを批判するつもりはない。違和感はおそらく、4月9日の記者会見以降この問題が完全に科学の議論から離れて当事者の地位と名誉を守るための法廷問題になっていることから来るものだろう。

小保方氏がいくら声高に「STAP細胞はある。200回以上成功した。」と主張しても、彼女はそれらに生じている疑惑に対して何ら科学的な説明や証拠を示していない。科学的な説明や証拠となるデータを示せないのなら、これはもうただの喧嘩で、科学ではない。それでいて今日の文書による補足の「言い訳」発表を行うとは、彼女の科学者としての誠意はどこにあるのか。

このブログではあくまで科学の議論を行いたい。過去の投稿を読んでいただければわかるが、僕は当初STAP細胞は本当なんだと信じ切っていた。しかし、様々な事実が明らかになった現在、STAP細胞は存在しないと思っている。以下に僕がSTAP現象を信じない理由を記す。これらの疑問は多くの研究者が同じように感じていると思っている。



1.未だに「STAP現象」を再現できた研究者がいない
STAP論文の発表は1月29日だ。発表から2ヵ月以上経った今でも、誰も「STAP現象」の再現に成功したとの報告をしない。逆に、再現実験を試みたが失敗したとの報告はたくさんある。例えばDr. Knoepflerによる追試報告サイト。これまでに11件の報告があり、STAP現象を再現した報告は無い。また、Nature News独自の取材により、世界の有名な10ヶ所の幹細胞研究室で再現が取れないことが分かっている。他にもResearchGateボストングローブの記事にも追試失敗が報告されている。一部で酸等のストレス処理後にOct4の発現上昇を確認したとの報告があるが、Oct4の発現だけではSTAP現象を再現したとは言えない。STAPは日本語にすると「刺激惹起性多能性獲得」だ。Oct4の発現だけではその細胞が多能性を持つことを証明したことにはならない。

当初理研のプレスリリースでは、STAP細胞はiPS細胞よりも簡単に作製できると謳っていた。本当にiPS細胞より簡単に作製できるなら、現在iPS細胞を使って実験している多くの研究者は喜んで簡単な方に切り替えるだろう。だから、上に明らかになっているよりもはるかに多くの研究者がSTAPの方法を試したはずだ。にもかかわらず、未だに誰も成功したと声を上げない。これはSTAP細胞が存在しないからに他ならないのでは?


2.詳細なプロトコール発表後も実験が再現されない
2月の中旬以降、インターネット上で追試失敗の報告が相次いだとき、理研は「STAP細胞作製にはコツが必要」と主張し、そのコツを共有するために3月5日に詳細版のプロトコールを発表した。さらにハーバード大のバカンティグループも独自のプロトコールを発表した。これらの新しいプロトコールも世界の研究室で試されているであろうことは、ResearchGateボストングローブの記事からも見て取れる。

それにも関わらず、誰も成功しない。詳細版のプロトコールにコツが載っているのではなかったのか。それでいて、今日発表された文書では、STAP細胞作製にはさらにコツがあり、それは特許の関係で公表できないなどと言っている。科学論文では、それを読んだ第3者が実験を再現できるように記述することは誰もが知っているルールだ。しかも、STAP現象に関してはすでに国際特許が出願済みであり、特許の関係でプロトコールが公表できないという言い訳は通用しない。一体どのプロトコールで再現できるのか。




3.STAP論文の著者らは自家蛍光を区別できていないのではないか
Dr. Knoepflerのブログ追試報告サイトで度々あった報告として、酸処理後の細胞が発した光は自家蛍光であったという報告がある。

自家蛍光とは何かを少し解説すると、目的の蛍光分子に依存しないような蛍光のことだ。STAP論文で著者らは「Oct4-GFPマウス」という遺伝子改変マウスを使っている。このマウスの細胞においては、Oct4遺伝子が発現されると同時にGFPが出るようになっている。著者らはこのGFPのシグナルを頼りにSTAP細胞の判定をしている。しかし、細胞は様々な条件下でGFPの有り無しに関わらず蛍光を発することがある。このようなGFP等の蛍光分子によらず細胞が自動的に発する蛍光を自家蛍光と言う。

自家蛍光は実験結果を誤って解釈する原因になることがよくある。そのため特に今回のような微妙な結果の解釈の時は、論文において「このシグナルは自家蛍光ではない」と分かるようなデータの提示をする。その提示の方法はいくつかあるが、代表的なものは以下のようなものだ。Dr. KnoepflerブログにおけるJun Seita氏のゲストポストも参考になる。

・Oct4-GFPの改変遺伝子を持ってない野生型のマウスの細胞を全く同じプロトコールで調整し、両者を比べることでOct4-GFP遺伝子特異的なシグナルであることを示す

・蛍光顕微鏡なら、緑のチャネルだけでなく赤のチャネルの画像も同時に提示し、緑のチャネル特異的なシグナルであることを示す。(自家蛍光は緑から赤にかけて広範な蛍光スペクトルを取ることが多い。関学の関先生の例が分かりやすい。)

・フローサイトメトリーなら、GFPのチャネルと同時にPEのチャネルのパラメータで縦横に展開してプロットを示し、対角線に生じる自家蛍光群に対してGFP側にシグナルが出ることを示す。(追試報告サイトの"Sasha wrote on 2/12/14"に出ているデータの出し方がまさにそう)

5・6年前とかの論文でも、明らかに自家蛍光と思われるデータによって書かれている論文はよく見かける。最近発表される論文でも稀に見るが、さすがに蛍光を用いた実験に経験値が積まれているのか少なくなっている印象だ。それは上記のようなノウハウが広く共有されつつあるからだろう。しかし、キメラマウスに関するもの以外のほとんどのデータが小保方氏によって取得されたというSTAP論文は、普通のNature論文ではまず見られないミスが数多くある。竹市センター長が「小保方氏は未熟な研究者」と会見で言ったが、果たして上記のような実験のノウハウを含めた教育を小保方氏はきちんと受けてきているのだろうか。

例えばLetterのExtended Data Figure 5gでは、コンペンセーションというフローサイトメトリーで最も基本的な処理が行われずにデータが提示されている。このような未処理画像を論文に載せる小保方さんに「自家蛍光かどうかを見分ける」という発想がそもそもあったのかというのは大きな疑問だ。なぜならそういう発想があれば上に書いたような方法でデータの提示をするから。4月9日の会見で小保方さんは「これらが自家蛍光ではないということも確認していて・・」と言い切ったが、いったいどのような方法で確認していたのか。既に論文に発表した生データは公表しても差し支えないだろうから、ぜひとも生データを公開していただきたい。





4.緑色に光った細胞は死んだ細胞ではないのか
上の主張と関係するのだが、ある種の死んだ細胞は自家蛍光を発することがある。ここで著者らによって公開された細胞がリアルタイムで緑色の蛍光を発する動画を見てみよう。



良く見ると矢印で示された細胞が緑色の光を発する前に、綺麗な円形だったのが収縮していびつな形になり、同時に細胞の内容物のようなものが噴出しているのが見て取れると思う。以前はもっと広角で撮られた動画で、緑に光った細胞が片っ端から貪食細胞に食べられる動画もあったのだが、今見つけられない。理研はその動画を消したのだろうか?(追記)YouTubeではなくてNatureのサイトにあった。

緑に光った細胞が貪食細胞に食べられている動画

貪食細胞は健康な細胞は決して食べない。死んだ細胞や体内のゴミを食べる。死んだ細胞は細胞表面に"eat me signal"という特徴的な分子を出し、それを貪食細胞が認識して食べる。貪食細胞に食べられているということは死んだ細胞ではないのか?死んだ細胞に多能性があるのだろうか。



5.なぜ若山教授の手元にあるSTAP幹細胞の系統が違ったのか
3月後半のニュースで、若山教授の手元にあるSTAP幹細胞を第三者研究機関に解析に出したところ、小保方さんから129系統の細胞であると渡された細胞は実際は他の系統のものだったという報道があった。どこかでマウスの系統が入れ替わっている。今日発表された文書で小保方氏は、STAP幹細胞は若山教授によって樹立されたものであり、小保方氏の作為によって系統が入れ替わったとされるのは残念だと述べた。意訳するとこの件に関しては小保方氏に非は無く若山教授の責任であるとの意味にも取れるだろう。しかし、STAP幹細胞はSTAP細胞から誘導されるものであり、STAP細胞を作ったのは小保方氏だ。若山教授がたった10株かそこらしかないSTAP幹細胞を取り違えたりするだろうか?





本当はこれら5つに加えてkaho氏の主張もあるのだが、これは正式な論文等として発表されるのを待つことにしよう。小保方氏を含めた著者らには、これらの疑問に対して是非とも科学的な反論を示していただきたい。


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[小説] 「イン ザ・ミソスープ」 村上龍

海外に行ったり、外国人と会話したりすると、自分が日本で生まれて日本で育った日本人であることを自覚する。ずっと日本にいて日本人とだけ接していたならこういう感覚を味わうことは無かっただろう。当然のことなのかもしれないが、国や文化の違いによってその人の行動や考え方は変わる。そうやって色々な文化を知る経験を繰り返すと、自分が育ってきた文化が相対化されて、より深く自分の文化を理解する契機となる。

この小説でも、大都会東京の新宿に現れた一人の外国人が日本的なものに触れる出来事が小説の柱になっている。映画「ロストイントランスレーション」を思い出したが、扱われている題材はより重く、深刻だ。村上龍が日本社会や日本人にはびこる一種の考え方に対して持っている危機感が、一人の外国人を通して強烈なメッセージとなって伝わってきた。普段の我々が何気なく見ている光景、当たり前のように見過ごしている光景の真っ只中に、異文化で育って異なる考え方を持つ外国人を動員することで、社会の問題点を浮かび上がらせている。この外国人は一体何者なのか?続きは小説で。

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英検一級受験の申し込みをした

先日、今年度中に英検一級を取得することを宣言したが、気が変わらない内に第一回の申し込みを済ませた。



申し込みはインターネットを介して行った。ちなみに第一回検定(試験日6月8日)の受付は5月16日までだ。


見ての通り、一級は受験料が8900円かかる。2次試験の面接などを考えると仕方が無いのかもしれないが、2次試験に進まなくても同じ8900円なのを考えると、1次試験で落ちたらなんだか損をした気分になる。2回も3回もこの金額を払うのはしんどいので、なるべく一回で決着をつけたい。

そして、気が変わらないようにと早めに申し込んだが、もしかしたらどうしても避けられない用事が入ってしまう可能性もあるので、わざわざこんなに早く申し込むことも無かったなと後になって思っている。キャンセルする場合は返金されるのだろうか。まあいいか、もう申し込んじゃったし。

ぼちぼち試験に向けた対策も始めようと思う。


国立科学博物館のすすめ ~日本館編~

以前の記事・国立科学博物館のすすめ ~地球館編~に続き、日本館の紹介をしたい。 




地球館が2004年に公開された新しい建物に対し、日本館は1931年建造の古い建物だ。玄関口でもあるこの建物は科博のシンボルでもあり、国の重要文化財にも指定されている。








一階の自然を見る技では、科学の発展を語る上で欠かせない望遠鏡や顕微鏡、そして時計や地震計などの計測器の歴史が展示されている。




これは明治時代にイギリスから輸入されたというトロートン望遠鏡。天体観測や教育に長い間使用されていたらしい。この他にも、初期の顕微鏡などが展示されている。




日本館ではその名前の通り、日本に焦点を当てた展示を行っている。日本人の成り立ちや日本列島の自然についての展示がされている。





例えば、たぶん世界でここにしか無いかと思われる、沖縄・奄美・トカラ諸島におけるヒラタクワガタの亜種の展示


良くも悪くもすごくマニアックな展示だ。それぞれに名前がついているからには、それぞれが分類学的に特徴を持っているのだろうが、問題はぱっと見た所それらの違いが分からないことだ。見る人が見たら分かるのだろうか。例えばクワガタマニアの間では、

「おお!すげえーー!トカラヒラタクワガタだ!!超珍しいじゃん!!」
とかいう会話が繰り広げられて、それらが高額で取引されたりするのだろうか。



それから、日本各地で見られる鳥の剥製だとか






日本近海で見られる生物だとか





日本の稲作の歴史なんかが展示されている







地球館では人類のルーツを知ることができるが、日本館では日本人のルーツを知ることができる。日本には元々縄文時代に縄文人と呼ばれる人が住んでいたが、弥生時代に大陸から稲作の技術を引っ提げて弥生人が渡来してくる。それらの人々が混ざった子孫が現代の日本人だ。縄文人と弥生人は身体的に全く異なる特徴があったとされる。例えば、その顔の構造からして違う



手前から旧石器人・縄文人・弥生人の顔を復元したものだ。顔の彫りの深さや鼻の高さなどが全く異なっているのが分かるだろう。沖縄出身の人で彫りが深い人をよく見かけるのは、渡来系との混血が少なかったためとする説がある。

また、日本館の2階では江戸時代の女性がミイラ化したものが展示されている。遺体の尊厳のためにその一角では撮影が禁止されているので写真は無いが、江戸時代の遺体を現代の技術で解析して生前の様子などを予測した研究結果などが見られる。それから忠犬ハチ公の剥製なんかもある。


日本館の3階では、日本各地で発見された化石が展示してある。かつての日本にこんな生物がいたのかと思いを馳せることができる。

日本で初めて発見された首長竜の化石とその復元模型






抜粋して紹介したが、ここに載せられた展示はごく一部のものだ。ここには載せきれない多種多様な充実した展示があるということは実際に足を運んでいただければ分かると思う。日本館では日本の人々・日本の生物の現代に至るまでの歴史と変遷を知ることができる。地球館と合わせ、日本人としての自分、それから人類全体としての自分のルーツを分かりやすい解説付きで学べる。大人も子供も、理系も文系も、誰でも楽しく学べる場所、それが国立科学博物館だ。

国立科学博物館のホームページ

東京BLOGの地球館紹介記事

リニューアルした国立科学博物館の地球館


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あぴと

Author: あぴと
生命科学の研究者。ポスドク。東京という街が好きです。
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